而洛克最知名的两本著作则分别是《人类理解论》和《政府论》。《人类理解论》早在1671年便开始撰写，有如洛克描述的，在接下来18年里断断续续撰写才完成了整本书，最后于1689年出版。虽然洛克开始撰写《政府论》的时间仍有争议，但很明显的是，书中大部分内容都是在1679年至1682年期间撰写的。因此《政府论》一书最初不太可能是为了1688年的光荣革命才撰写的，虽然在光荣革命之后洛克的确曾大幅修订全书以替革命辩护。
《论宽容》
洛克最初是以不具名的方式在阿姆斯特丹发表了拉丁文的《论宽容》一书，这本书很快便被翻译为英文出版。洛克区分了一个教会与民间政府的差异，包括两者在目标上的差异以及在实践的手段上的差异。政府是为了维持和平才存在的，并且必须保有武力才能达成这个目标；而教会则是自愿构成的群体，为了提供灵魂救赎才存在的，而且必须使用说服的手段传教。个人并不能被从他们自己的灵魂上分开，也因此政府并没有提供他们救赎的责任，武力也不可能达成救赎的目标；即使能够达成，以这种压迫方法传教的宗教也并不一定是真正良善的宗教。因此，即使当政府倾向于支持某个特定的教会时，政府不能为此而干扰民间的和平。
